b86 から IPA フォントが含まれるようになりました。 そして HG フォントよりも IPA フォントが優先して使用されるようになってしまっています。 Sayama さんの blog には回避方法も書いてあります。
その方法とは別な、優先順位を変えてしまう方法があります。 優先順位はこのファイルで指定されています。
/etc/fonts/conf.d/65-nonlatin.conf
この中に serif、sans-serif、monospace の３種類が指定されていますので、それぞれ HG フォントを IPA フォントよりも前に書き換えます。
それから、serif、sans-serif に書いてある IPA フォントは何故か等幅のものだけでプロポーショナルのものがありません。 IPA フォントの方を使いたい場合にはそれを直した方がよいと思います。