前の Beta 版でも同様でしたが、Home Page の設定で日本語の含まれるローカルファイルのパス名を指定できない問題があります。
例えば、file:///Volumes/Test/書類/WebSite/index.html を指定して、Safari を起動し直すと設定が消えてしまいます。
とりあえず簡単な回避方法としては、日本語が含まれないようにシンボリックリンクを作成して、そちらを指定するという方法があります。
例えば、ln -s /Volumes/Test/書類/WebSite /Volumes/Test/WebSite としておいて、file:///Volumes/Test/WebSite/index.html と指定できるようにするとかですね。
まだ Beta 版で英語版のみということですから仕方がないかもしれませんが、完成するまでに直してもらえるかどうか気になります。